耳根后面疼痛的原因包括耳大神经痛、隐匿性乳突炎、三叉神经痛等，原因和治疗具体如下：

1、耳大神经痛：耳根后面疼痛如果病程比较短，疼痛是阵发性，类似于针扎样的一下一下痛，不是一天到晚持续痛，常见是一种神经痛，如耳大神经痛。耳大神经痛的原因有时候不明确，多数和病毒感染可能有关系，往往症状不算严重，可以观察，一般可以在几天之内逐渐自行缓解和恢复，不需要特别处理。如果持续不好，可以适当地使用卡马西平等药物治疗，一般也可以取得比较好的疗效；

2、隐匿性乳突炎：如果疼痛持续加重，需要进一步做耳部的相关检查，如耳部的CT或者磁共振等，进一步排除一下有没有隐匿性乳突炎。隐匿性乳突炎相对比较少，经常伴发于慢性中耳炎持续多年的状态。如果有隐匿性中耳炎，耳部CT可以发现乳突部有高密度影，必要时考虑手术治疗。但如果只是神经痛，通过适当的药物治疗一般都可以慢慢缓解，而不需要手术治疗；

3、三叉神经痛：如果是三叉神经痛，有时也需要通过手术来解除微血管的压迫，才能得以根治。