消化不良的患者可以服用益生菌，消化不良的患者可能存在菌群失调问题，因此临床上通常会给这类患者开取益生菌处方，存在脾胃虚弱、脾胃湿热 、脾胃虚寒等体质问题的患者亦可以使用益生菌调节。

需要注意区分益生菌与益生元，益生菌对人体有益，而益生元为细菌的食物，二者可以配合使用。医院内益生菌包括双歧杆菌、双歧杆菌的三联活菌胶囊及四联活菌片，以上药物任选其一随餐服用即可。

二联不需要放冰箱且携带方便，三联为胶囊状，而四联为片状，因此可以根据病人喜好选择。

部分因为觉得胶囊难咽，而不爱服用胶囊的患者，可以选择片剂，亦可以将胶囊脱壳，放入常温的牛奶或粥内进行服用，片剂一般可以碾碎，但最好按照原有的形态服用，降低其在胃内被消化的概率。