炎症性肠病包括溃疡性结肠炎以及克罗恩病，均属于慢性复发性疾病，病情迁延不愈且目前临床无治愈方法。炎症性肠病的预后与病情轻重有关，反复发作、病情较重且并发症较多的患者通常预后较差。若患者存在溃疡性结肠炎，合并中毒性巨结肠，甚至可能会危及生命。
此外若克罗恩病患者长期存在营养不良、反复的消化道出血、肠瘘或腹腔脓肿形成，可出现较严重的并发症。因此两种疾病的预后与病程长短、病情严重程度有关，也与患者是否进行正规、长期、有效的治疗有关。经过正规长期有效治疗的轻症患者，预后通常较好，而病情迁延不愈或未经过系统治疗的患者则预后较差。
