对于大多数的胃肠道疾病主要是对症治疗，很少能够达到治愈目的。所以针对这类疾病主要是预防为主，养成正确的生活习惯，减少发病。针对功能性消化不良不同病因，需要针对这些病因进行对症治疗。比如胃肠动力功能紊乱，需要用促动力药或双向调节药；针对Hp感染也就是幽门螺杆菌感染，可能要采取根除幽门螺杆菌的治疗；针对胃酸分泌异常，可能要使用H2受体阻断剂或质子泵抑制剂进行抑酸治疗；针对精神和心理的障碍，有时要采取针对心理调整、药物治疗等。如果有严重的精神心理障碍，需要到精神专科进一步咨询治疗。

功能性消化不良和器质性消化不良有区别，器质性消化不良是患者有消化不良的症状，而且这些消化不良症状有一些相应的器质性疾病，比如由溃疡病、肿瘤等引起。

功能性消化不良的患者有消化不良症状，但是通过影像学、生化学等检查没有发现器质性及生化代谢的疾病，所以这类患者称为功能性消化不良。

功能性消化不良引起的原因主要有以下几种：第一是胃肠道的动力功能障碍；第二是幽门螺杆菌感染；第三是内脏感觉异常；第四包括精神心理因素；第五是酸等分泌的功能异常。

功能性消化不良主要是由于功能性或者一系列的其他问题，比如心理障碍等引起的症候群，主要表现为四个主要症状，即上腹胀、上腹痛、早饱和腹胀。针对这类疾病，先要注意正确认识疾病，比如这种疾病由于心理障碍引起就进行一系列的心理调整，养成正确生活方式，对疾病有正确认识。