骨巨细胞肿瘤并不存在所谓最佳的治疗方案，一般临床上需要根据每个患者的病情不同，选择个体化的治疗方案。一般针对患者的病情所采用的对应治疗方案，相对就是最佳的治疗方案。
骨巨细胞肿瘤是一种性质并不明确的肿瘤，这种肿瘤具有良性的一些特征，但是也可能会发生恶变，并且还有可能会发生肺转移，因此其性质目前尚不明确。对于骨巨细胞肿瘤的治疗，可以通过手术来刮除肿瘤，也可以做根治性的或者是广泛的骨肿瘤的切除手术。
而对于有的已经发生了肺转移的肿瘤，也可以给予局部病灶的放射治疗，或者是给予全身化疗药物来控制肿瘤的发展。有的患者已经因为溶骨性的改变而发生骨折，也需要给予手术治疗，来控制由于肿瘤引起的病理性骨折等并发症。有的患者疼痛比较明显，还可以根据疼痛的严重程度不同，选择对应的镇痛药物来进行治疗。
