肛瘘一旦确诊，一般情况下都需要手术治疗。在我国绝大部分的医院里的肛瘘手术都是开放性，也就是用特殊的探针从外口把瘘管找到以后，沿着瘘管打开，术后一般不缝合。
术后恢复时间也相对比较长，也通过温水坐浴、理疗的方法加速愈合。有的严重肛瘘还可能需要挂线，我国一般有虚实挂线等不同的方法，恢复时间可能需要更长，具体的时间也是根据患者的创面的大小，还有是否并发基础疾病而定。
一般情况下，患者的恢复时间在3周到2个月之间，有严重的甚至恢复时间可能超过2个月，甚至可能时间更长.