幽门螺杆菌治愈后除非再次被感染，通常不会复发，而且再次被感染的几率较低。大多数感染幽门螺杆菌的患者表现为无症状的慢性活动性炎症，15%的患者会出现消化不良的表现，而将近15%的患者会出现消化性溃疡，还有1%左右的患者可能会出现胃部恶性疾病，包括胃癌、胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤等。
对于高危人群，如一级亲属存在胃癌家族史、萎缩性胃炎、糜烂性胃炎、消化性溃疡，或者既往胃部做过手术、需要长期服用刺激胃黏膜药物的患者，如阿司匹林、氯吡格雷等药物，这类患者如果发现有幽门螺杆菌感染，均应积极治疗。如果没有上述危险因素，也没有明显症状的患者，是否需要根除幽门螺杆菌则应权衡利弊。尤其老年患者更应慎重，根除幽门螺杆菌的药物中包含抗生素，老年患者服用后可能会导致菌群失调，造成顽固性腹泻。
