整肠生对于部分肠道疾病，可以帮助大便成形，但如果是器质性病变所导致，未治愈器质性病变，服用整肠生也不会使大便成形。例如最近出现大便不成形、腹泻、便秘，或者腹泻、便秘交替，是因为肠道出现结肠癌，此时服用整肠生不能让大便成形。因为出现肠道占位，导致大便性状改变，需要针对肿瘤进行治疗，可以内镜下切除肿瘤。如果内镜下无法切除，则需要外科医生帮助处理结肠肿瘤。
功能性肠病最常见的是肠易激综合征，这类患者常没有器质性问题，主要是因为情绪压力，例如比较紧张，或者腹部受凉所导致的大便不成形，可以选择整肠生这类的肠道益生菌。因为整肠生是地衣芽孢杆菌，可以帮助在一定程度上改善大便性状，使大便成形。
