大部分宫颈癌是由HPV病毒引起，出现HPV病毒感染后，逐渐发展成宫颈癌，但有极个别情况与HPV病毒感染无关。宫颈癌分为鳞癌和腺癌，其中比较特殊的腺癌类型，如透明细胞癌、微偏腺癌，又称为宫颈恶性腺瘤，与HPV病毒感染无关，患者患病年龄可能会出现偏差，如部分没有性生活的小孩或青春期的孩子会患宫颈癌，与性生活以后感染HPV病毒没有关系。具体病因并不清楚，但这两种癌的恶性程度较高，患者进行HPV检测时，标本内并没有HPV病毒。
绝大部分宫颈癌为HPV病毒感染引起，虽然部分患者HPV病毒检测阴性或含量比较低，可能是以前感染HPV病毒，目前病毒量已经下降，但已经引起细胞改变。有时检测手段不够敏感，也容易导致HPV病毒感染被漏诊。
