偶尔半夜腹痛考虑可能由不洁食物引起，经常性半夜腹痛应考虑腹部脏器是否存在其他疾病，最常见为存在肠道疾病，如小肠、结肠病变。应及时去医院就诊，建议女性可到妇科门诊检查子宫、附件是否存在其他疾病。排除妇科疾病后，再到泌尿外科进行彩超检查，观察是否存在输尿管结石、膀胱炎等。若均排除，还应到结直肠肛门外科就诊，观察肠道内结肠是否存在疾病，必要时可进行结肠镜或腹部CT检查。

若是男性，可就诊泌尿外科、胃肠外科或者结直肠肛门外科。一般也需要彩超检查，是否存在泌尿系统结石或者其他疾病。此外，可能需要做腹部CT、肠镜检查，检查肠道是否存在其他疾病。