随着舒适化理念的推广，目前无痛胃肠镜数量与比例越来越高，部分医疗机构的无痛胃肠镜比例可以达到70%-80%。通过推注麻药，患者可以处于睡眠状态，一般感受不到胃镜与肠镜的痛苦。因此对于恐惧胃镜、肠镜检查的患者，建议进行无痛胃肠镜检查。

普通胃肠镜，例如进行清醒胃镜或者肠镜检查，一般会叮嘱患者吞服或者含服局部麻醉药物麻醉咽部，例如含服利多卡因胶浆等进行咽部麻醉。由于胃镜是一根较长的塑料软管通过咽喉部进入胃内，在进行检查的过程中对咽喉部还会产生一定刺激，部分患者比较敏感，可能产生恶心的反应。如果在患者的胃内或肠内进行检查的过程中对胃肠造成牵拉，则可以造成腹胀、腹痛不适，肠镜也是同样的道理。对于部分比较敏感或存在结肠冗长的患者，进行肠镜的操作过程中，也可以因为肠道牵拉或扩张，造成腹痛、不适。一般患者可以耐受胃肠镜检查，无论是进行清醒胃镜还是无痛胃镜，如果患者担心可能带来的痛苦，通常建议进行无痛胃肠镜的检查。