脸上的扁平疣是由人乳头瘤病毒，也就是HPV病毒感染而引起。人乳头瘤病毒有很多种亚型，其中有一些比如HPV3型，就主要是引起扁平疣。扁平疣表现是脸部或者手背部出现黄褐色、淡褐色的米粒、绿豆大小的淡褐色，且质地较硬的丘疹、斑丘疹。
具体的感染原因可以是直接接触，也可以间接接触，传染源当然是一些患有扁平疣的患者，或者是一些携带有HPV病毒的无症状携带者。如果和这些人的病损、皮损接触，有可能沾染上病毒颗粒。若恰好局部皮肤上又有小的破损或者裂隙，病毒就可以乘虚而入，进入到皮内、表皮细胞当中繁殖，同时刺激表皮增生，就形成了扁平疣状的损害。
有时候是直接的接触，有时候可以通过手部的接触，然后再搔抓脸部，导致病毒定植在脸部的皮肤当中，经过一段时间之后，就在脸部形成扁平疣的皮损。如果不注意，用手去搔抓，还可以引起扁平疣的皮损逐渐增多，形成串珠排列和自身接种的现象。
