黑枸杞原来不是传统意义上的中医、中药，黑枸杞主要记载于晶珠本草和维吾尔族药志，属于少数民族医药，但也是中医中药大范畴内的一种。目前黑枸杞接受度较高，其具有清肺热、镇咳、消炎等功用，民间将黑枸杞作为滋补药物。《晶珠本草》中记载其可以治疗心热病，具有明目的作用。

现在黑枸杞可以用于治疗哮喘性气管炎、止咳、牙龈出血，以及治疗感冒、咳嗽、发热等外感性疾病。黑枸杞中含有有机酸、微生物以及各种糖类，其可以泡水饮用。将黑枸杞放于杯中，温开水浸泡后就可饮用。