肠镜痛苦还是胃镜痛苦，因人而异。肠镜是从肛门里进镜进行观察，有可能会造成肛门的不适以及腹胀的感觉。而胃镜是从口部插入镜子去观察食管、胃的情况，有时会引起患者恶心以及上腹部不适。但总体来讲，无论是胃镜还是肠镜，患者通常均可耐受，只要能够放松，不要过多的去惧怕，以平和的心态面对，肠镜和胃镜都是可以接受的安全检查。
在进行胃镜和肠镜时，为减少痛苦，胃镜前准备和肠镜前准备也非常重要，如果准备的不恰当，也会增加患者的不适感，以及影响检查医生对胃镜、肠镜的检查质量。所以在做胃镜之前，应做好空腹8小时的准备。肠镜也要做好肠道清理，如果肠道内的粪便清理不干净，也会影响到肠镜的检查效果，同时也会增加患者的痛苦。
