盐酸羟胺一般不做药用，是用来生产药物的一个中间体，可以经过盐酸羟胺合成羟基脲，羟基脲是用于治疗一些肿瘤的，比如慢性粒细胞性白血病、睾丸癌等肿瘤的，是一个抗肿瘤药。盐酸羟胺还可以作为中间体合成磺胺类药物，如新诺明(磺胺甲噁唑片)等抗感染药物。
作为一个用来合成药物的中间体，盐酸羟胺一般本身不作为药物应用，由于合成的两类药物，包括磺胺类药物以及羟基脲，在临床上应用也都受到一定的局限，所以关于盐酸羟胺的使用作用，也相对应用不是很广。
因为现在抗菌药物，还有抗肿瘤药物，都得到了极大的发展，比如抗菌药物，除了磺胺类药物以外，还有很多应用比较广的，比如头孢类、青霉素类的药物。作为抗肿瘤药物，除了羟基脲以外，现在的抗肿瘤药物应用更多的一些广谱的药物，包括铂类、蒽环类以及紫杉类等药物，再加上靶向免疫治疗等其它的药物应用，都是比羟基脲要广很多。
