肝脓肿的首选治疗方法是介入治疗，介入治疗原理为穿刺引流，把肝脓肿内的液性坏死物抽出体内，辅助应用抗生素能较快控制肝脓肿。
没有介入时，通常会选择开膛破腹，切开脓肿做引流治疗。现在可以通过医学影像设备引导找到脓肿，在脓肿里放引流管把脓液排出体外。
甚至还可以通过引流管，局部注射抗生素抽出脓液，做细菌培养，寻找较敏感的抗生素，筛选较好治疗方法。
通过彻底引流肝脓肿，联合抗生素，能迅速把肝脓肿控制掉，可以免除外科开刀的痛苦。长时间使用抗生素，患者可能出现抗生素过敏或者出现真菌感染。建议用介入方法快速把脓肿处理掉，肝脓肿穿刺引流的手术费用比外科切除治疗低
