肛瘘手术住院时长，需根据肛瘘大小、位置判断。如果是小肛瘘、低位单纯肛瘘，可能住3天即可。但如果是高位复杂性肛瘘，可能住院1周甚至2周。如果患者有条件、有床位，可能要住3周，因为确实需要时常关注创口生长情况，有时会有出血或肉芽增生等，需要及时处理。因此，一般高位复杂性肛瘘最少住院1周，每周要进行复查。低位肛瘘一般3天出院，复查一次即可。

如果是小肛瘘，手术比较简单。如果是高位复杂性肛瘘，需要挂线，住院1-2周，3周拆线，拆线后每周要复查一次，完全长好可能要6-8周，治疗周期比较长，因为支管多，位置高，在生长过程中需要时常进行关注、观察，避免前功尽弃，再进行二次手术。