内镜下黏膜切除手术的费用，根据手术类型及使用材料情况各有不同。内镜黏膜切除术目前通用方式主要是两个，内镜下黏膜切除术EMR，以及内镜下黏膜下剥离术ESD，二者费用不同。目前内镜下黏膜切除术在各省定价标准不同，目前单纯手术费用可能在1000-2000元左右。内镜黏膜下剥离术在各省定价也有不同，有些省份还没有具体定价标准，如果有定价标准，一般费用也在2000-4000元不等，这是单纯的手术费用。
除此以外，会在术中使用高频电刀、透明帽，以及使用金属夹、尼龙绳、热止血钳等相应耗材和附件，在使用这些耗材和附件后，会根据各省采购的耗材和附件价格进行收费。加上材料和整体手术费用，EMR在各省的收费通常为2000-3000元左右，有些如果使用材料较多可能达到4000元左右。ESD费用可能在10000-20000元左右，具体根据手术创面大小和使用材料数量会有不同，各省定价也有区别。
