幽门螺杆菌治疗疗程一般是10-14天，比较轻微的患者可能是7天。临床可以选择三联疗法、四联疗法，需要根据尿素呼气试验结果决定用药联合程度，以及用药疗程，治疗后基本能够根除。后期复查时间是停药后1个月，必须是停质子泵抑制剂2周，停消炎药4周，即停药后28天才能进行复查、随访。
如果尿素呼气试验数值比较高，可能治疗一次无法根除，待3-6个月需要再次进行根除治疗，应避免立刻再次用药。如果第一次治疗后未根除掉，甚至数值更高，下次需要3-6个月后再进行治疗，治疗时要避开前期选择的抗生素，因为可能存在耐药性，患者可以进行药敏试验，这样选药更具有针对性，选择敏感药物进行根除治疗，根除概率更高。
