神经源性肌肉萎缩的治疗首先需要保护神经，另外要找到神经损害的原因进行对因治疗。对因治疗也是非常重要的方面，如果因骨骼或肿瘤或软组织等卡压导致肌肉萎缩，解除卡压是最好的治疗手段；如果是因为自身免疫疾病导致的神经源性肌肉萎缩，可以应用激素、免疫球蛋白的冲击治疗，也可以应用免疫抑制剂等治疗。

如果是脊髓前角病变导致的肌肉萎缩，则为渐冻症，治疗难度比较大。除了营养神经、促进神经修复以外，还需配合中医药治疗，结合针灸、理疗以及康复训练等，以达到改善症状，提高生活质量，延长寿命的目的。