非细菌性前列腺炎的病因往往是由于长期的炎症反应，导致免疫系统改变所致，此时前列腺内查不到细菌，但存在长期炎症反应。机体白细胞持续存在，并释放炎性介质因子，同时合并免疫系统异常，则可导致前列腺反复不适，出现其他非细菌性前列腺炎的表现。

目前很多研究表明，所谓的非细菌性前列腺炎可能与目前的检测手段敏感度较低，并不能及时查到病原体有关。许多学者发现，非细菌性前列腺炎患者体内，有过支原体、病毒或其他微生物感染，但目前常用的检测手段，如细菌培养，前列腺液的培养，敏感性较低，许多细菌难以培养出来，多数情况下仅能培养出表皮葡萄球菌等价值不大的细菌，有时前列腺真菌感染，真菌数目未达到一定数量级时，也难以培养出来。因此总的来说，非细菌性前列腺炎以目前的检测来看，病因可能与难以发现细菌有关，因此不好进行针对性的治疗，也可以将机体免疫炎症反应作为病因之一。

不管怎么样，出现非细菌性前列腺炎后，建议请泌尿科的专科医生对患者的情况，包括症状，进行好好的判断，并给出一些治疗建议，对这个疾病的恢复通常很有好处。