一般胃镜检查没有副作用，但是毕竟是有创检查，会有些并发症，具体如下：

1、主要并发症是发生咽部不适，也是最容易发生的，因为镜子经过咽部会对其进行摩擦，因此会造成咽部炎症或者造成咽部擦伤，一般2-3天时间即可恢复；

2、出血，因为做胃镜检查很多情况下需要取活检，即用钳子在胃黏膜和食管黏膜上取一块肉，然后做化验来确定这病是什么病，以及严重到什么程度。取的这块组织会对黏膜有损伤，也有可能造成出血。另外，做胃镜时有可能造成创口，如有个比较深的溃疡，这时候做胃镜需要注气，不注气观察不到，在注气过程中有可能造成穿孔。