抗核抗体全套主要用来查结缔组织病，也就是广泛概念的风湿病，主要包括类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、硬皮病、干燥综合征、血管炎，以及皮肌炎、多肌炎、坏死性肌炎等。抗核抗体的全套重点是要用来排除自身免疫性疾病的存在。
比如发现抗核抗体超过正常高线的3倍以上，或者出现抗核抗体≥1:320情况，此时则通常要高度怀疑自身免疫病。如果具备相应的临床表现，如关节疼、关节肿，皮肤反复的皮疹，或者太阳光晒脸上会红、会痒，以及起一层皮疹等光过敏的现象，还有手指遇冷变白、变紫是雷诺现象。
出现相应的风湿病表现时，医生会高度怀疑可能存在风湿性疾病。大部分情况下，医生很难根据临床表现，明确诊断某一种风湿病。但是如果经过采血的化验检查，去看抗核抗体谱的相应表现，就能够为接下来的诊断增砖添瓦，可能比较明确地做出风湿病的诊断。
