早期肝癌的治疗方法主要有手术切除、消融术、TACE、放疗、生物免疫治疗、中药治疗等。而根治性的治疗手段是手术切除或者消融术，综合治疗效果好，手术切除是小肝癌更好的选择。切除的预后与切除时肿瘤的大小有关。2cm小肝癌切除术后的5年存活率为81.5%，而4-5cm的肝癌5年生存率降至59.5%。因此，对于肝功能代偿好的患者尽量争取彻底切除。虽然手术是治疗小肝癌的最好选择，不过需要明确的是手术治疗所谓的治愈是指生存期达到5年，且手术会给患者身体带来更大的创伤，有可能发生转移，应注意手术的适应症。
射频消融术严格意义上是一种微创治疗，近年来的研究表明，对于小肝癌射频治疗远期疗效可达到与手术类似效果。因而射频消融治疗小肝癌越来越广泛。射频消融治疗术包括外科术中射频消融，影像学引导下的经皮穿刺射频消融治疗。前一种是由外科医生在术中完成，后一种是由介入科医生在影像引导下进行。具体采用哪种方式，要根据肿瘤的大小及肝内的解剖学位置来确定。