泌尿系统结石的具体病因尚不清楚，临床研究表明与以下原因密切相关：

1、结石体质：尿中所含的结石基质成分浓度，即未来能形成结石的成分浓度过高，由于机体的代谢因素所造成，也就是民间经常说的结石体质；

2、环境因素：与饮水过少、处于高热的工作环境、生活在较低纬度的地区，气温比较温暖、干燥或者高热，造成大量的汗液蒸发、尿液浓缩，与这些有明确关系。因为在我国，在南方某些区域、新疆结石的发病率显著高于国内其他区域；

3、泌尿系统感染：感染、梗阻、结石是泌尿外科的常见病因，3个因素互相促进导致结石；

4、代谢异常：比如胱氨酸结石、尿酸结石这类相对有明确病因的结石，治疗上要多喝水。生活保健中需要尽量少吃含草酸量高的蔬菜和水果，代表性的是绿叶菜。有肾结石的患者，建议烹制绿叶菜时，最好先用开水焯一下，再用凉水拧一下，能够把部分草酸提前排去，减少未来结石的发病率。