新生儿食道闭锁的治疗时间，要看其恢复情况，以及食道闭锁的类型、手术后吻合口情况，以及新生儿自身食道的发育情况，不能一概而论，具体如下：
1、时间较短：如果治疗顺利，在新生儿出生后就进行评估，同时完善术前检查、造影，同时进行手术治疗，手术完毕以后可能留置胃管，等待吻合后的生长。如果一切顺利，可能需要10天甚至半个月的时间，等到吻合口痊愈，没有出现瘘管的情况，让新生儿少量饮水、吃奶，观察新生儿的反应情况，这是最重要的一点；
2、时间较长：如果新生儿在出现吻合口漏、吻合口狭窄，治疗时间可能会相应延长，部分新生儿出现吻合口漏、肺部感染，治疗时间可能会更加长。
