宝宝睡觉时手脚乱动的主要原因有以下几种：

1、生理性原因：宝宝的神经系统发育未完善，在发育过程中可存在不自主的手脚活动，如果睡眠较好，偶然出现手脚乱动属于正常反应，随着年龄增大可以减少或消失。若睡眠前过于兴奋，或睡眠时环境温度过高或穿衣过少，均可能会影响宝宝的肢体，进而出现活动的现象，可适当调整环境温度，或睡前进食避免饥饿；

2、疾病性原因：如维生素D缺乏引起的佝偻病，宝宝可表现为易惊，轻微的声音便会引起手脚抽动，可适当补充维生素D。小儿癫痫发作也可在夜间出现手脚抽搐，需及时到医院进行脑电图等相关检查才能明确。