多囊卵巢综合征的形成机制目前还不明确，部分认为和胚胎，即母亲肚子里，母亲雄激素水平增高相关，也有人认为和基因、饮食习惯相关。所以多囊卵巢大多数观念认为，是既往形成。

多囊卵巢和多囊卵巢综合征是两个概念，多囊卵巢是指卵巢上卵泡数目很多，卵巢上卵子在出生时决定了，每个人有大几百万卵子，这部分卵子在生长发育过程中逐渐衰退，进入青春期以后可能就只有四五十万个卵子了。

大多数人在青春期，由于处于年轻阶段，卵巢上卵子非常多，只要月经规律就都正常。月经规律说明有正常排卵，卵巢上卵泡数目多，作为青春期女性来说正常。

多囊卵巢综合征可能是稀发排卵或无排卵，伴随雄激素水平增高，合并有糖、脂代谢异常，双侧卵巢上面卵泡数量比较多，和雄激素水平增高相关。但究竟是它引起雄激素水平增高，还是雄激素水平增高导致它，目前有争议，大致是相辅相成。

另外认为和生活习惯相关，有的人肥胖会诱导胰岛素抵抗，诱发更多的卵泡生长，又会导致卵泡没有优势化生长，以及不破裂形成。所以目前认为多囊卵巢综合征可能和基因、环境因素、母亲体内雄激素水平、生活习惯及环境因素相关。