乳糖酶和益生菌区别主要在于乳糖酶属于人体自身存在的酶，机体可以自行产出，也可以外界摄入，具有消化作用。益生菌属于肠道必需的常规寄生菌，部分有益菌可以帮助调整肠道菌群和环境，同时促进肠道正常寄生菌生长，从而抑制条件致病菌，甚至部分致病菌，可以使肠道环境和比例趋于正常和稳定。

乳糖酶属于一种消化酶，可以和其它消化酶配合，具有一定消化作用，如果人体缺乏乳糖酶时，易对乳糖成分消化不良。而益生菌可能在肠道中存在数万至数亿种，目前现有的医疗条件，可能无从得知人体必需或非必需菌群，但专业药物益生菌可能对肠炎、肠道菌群存在一定帮助。