肝穿刺主要用于肝脏疾病的诊断、临床分期以及肝脏肿瘤定性，某些慢性肝炎患者具体病因不明时，可以通过肝穿刺来明确导致肝损伤的原因。肝脏疾病发展到一定阶段会表现为肝纤维化，甚至肝硬化，在慢性病毒性肝炎、自身免疫性肝病等，肝穿刺可以用来判断疾病发展到哪种阶段，以及药物治疗是否有效，对于患者的预后和远期生存也有一定的预测价值。
肝脏肿瘤是属于肝脏占位性疾病，肝脏肿瘤无法通过影像学确诊时，也有必要通过肝穿刺活检来获得病理学诊断的依据。对于晚期的肝癌患者，如果需要进行介入治疗、靶向治疗或者免疫治疗等，必要时可以通过肝穿刺来取得组织，通过进一步基因检测来进行药物筛选。对于某些特殊的疾病患者，如肝脏移植，移植后有可能会出现排斥反应、药物性肝损伤，或者某些不明原因黄疸等，也可以通过肝穿刺来获得疾病诊断，并用于指导药物治疗。
