艾滋病会影响人体多个系统，主要影响免疫系统。艾滋病病毒进入人体内后，主要在免疫细胞内进行复制，引起免疫细胞破坏。从化验检查可看到患者免疫细胞逐渐减少，最终导致免疫系统崩溃，机体出现各种机会性感染和机会性肿瘤。
艾滋病病毒除使免疫系统受到损伤之后，其他系统也会受到损伤，如血液系统、神经系统。部分患者最早发现艾滋病因血液系统出现问题，如因血小板下降到医院做检查发现艾滋病。
另外，艾滋病病毒也可进入中枢神经系统，引起中枢神经系统相应损伤，临床上称HIV相关脑病，患者会出现神经系统损伤，导致痴呆症状。HIV病毒还可以引起心肌细胞、肾脏细胞损伤，而导致患者出现相应症状，如尿蛋白阳性、心肌炎等。
