萎缩性胃炎在临床的症状，没有特异表现，表现为非特异症状，如腹胀、纳差、消化不良等。最重要的慢性萎缩性胃炎的诊断，是依据胃镜检查以及病理检查。在胃镜下可以看到萎缩胃黏膜，表现为红白相间，但以白为主，黏膜下血管透见，有些地方伴有肠化改变。肠化改变在镜下可以看到增生样改变，具体确诊要通过内镜下取活检。

另外，活检组织送到病理科进行进一步显微镜下观察，可看到腺体减少、肠上皮化生。萎缩性胃炎也要依据萎缩累及程度进行判断，因此对于慢性萎缩性胃炎的诊断，要结合胃镜检查、病理检查，有些全胃萎缩的患者，还要考虑有没有内因子缺乏等。