做肠镜检查通常不会感染传染病，每个内镜诊治中心都严格按照国家规定进行消化内镜消毒，严格消毒后才进行操作。每个病人进行肠镜后，使用的每一根镜子都要到消毒间进行严格清洗、消毒，需要经过初洗、酶洗、浸泡、消毒，以及再次反复冲洗、吹干几个步骤，大约要耗费20分钟，从而保证每个镜子干净、清洁，没有细菌、病毒残留。
每个内镜中心有专门的洗消室，有专门消毒的工作人员。每根镜子拿出来检查前以及结束后，都要进行严格消毒。晚上放进储镜柜内，储镜柜本身也具有消毒功能。所以，在整个大肠镜检查过程中，不会感染传染病，都会经过严格消毒，属于无菌的检查器械。
