目前治疗胆总管结石最有效的治疗方法是手术治疗，手术能够将胆管切开并将胆管内的结石取出，以达到有效治疗的目的。此外，根据结石的大小也可以考虑行内窥镜下的ERCP取石，这种情况下属于微创手术，也可以行开腹手术。
但是针对一些结石较大、较硬的情况，可能比较难取出，而且需要针对壶腹部的括约肌切开，术后有反流性胆管炎、胰腺炎等并发症的相应风险。所以具体是否采取内窥镜的手术，要看具体的情况、结果来决定。
如果胆总管结石属于急性感染期，一般建议先行抗感染、解痉、对症的处理，待炎症好转、控制后再行进一步的手术治疗。在保守治疗无效的情况下，也可能需要直接行急诊手术或者先行PTCD引流胆汁，控制感染症状。
一般情况下，急诊手术相对风险较大，术后出现并发症的概率也较高。建议有胆总管结石的患者尽早给予处理，不要等到症状出现急性发作时再进行治疗。
