同房后肛门疼痛的原因通常有以下几方面：

1、肛交疼痛：如果进行肛交，可能会在肛交的过程当中引起肛门、肛管或者直肠的刺激，可能会引起肛门或者直肠疼痛。需要注意幅度或者可能需要润滑，带一些避孕套等措施；

2、幅度过大：如果采用阴交的性交方式，产生肛门疼痛，可能最常见的就是在性交的过程当中幅度太大，太剧烈，刺激到肛门。因为阴道和肛门相邻，建议在抽插的过程当中减小幅度。另外尽量要采用润滑，如果阴道比较干涩，这时可以使用润滑液、润滑剂或者带避孕套等方式，一般可以缓解或者避免肛门的疼痛。