自身免疫性肝炎的诊断在免疫性肝病里比较复杂。自身免疫性肝炎主要好发于女性，而且在轻度的时候，患者往往没有任何的表现。很多病人是在体检的时候发现转氨酶升高，再做进一步检查。此病主要是以转氨酶升高、γ-球蛋白血症和自身抗体阳性来进行诊断。此病具体诊断步骤如下：
1、患者如果有转氨酶升高，ANA抗核抗体、抗线粒体抗体、抗平滑肌抗体、抗肝肾微粒体抗体阳性，则倾向于患者有自身免疫性肝炎；
2、自身免疫性肝炎诊断的金标准其实是肝脏穿刺组织活检术，即取一块肝组织进行病理检测，如果有淋巴细胞浸润、玫瑰花环样的特征性病理表现，就可以明确诊断自身免疫性肝炎。一旦发现转氨酶升高，且进一步检查也不是传染性肝病，如果考虑是免疫性肝病，自身抗体没有阳性的表现，就要进行肝穿来确诊，因为自身抗体的阳性率并不是很高。因此自身免疫性肝炎的诊断比较复杂，需一步一步的检查，最主要的是检查自身免疫性抗体的指标。