儿童矮小症的诊断是对于同地区、同年龄，同性别，儿童的身高位于第3百分位数以下或平均身高2个标准差以下。儿童矮小症以平均水平作为基础，但平均水平由于人的身高受地域、年龄、性别以及种族等都有关系，所以必须得是同年龄、同性别、同地区，儿童的平均值2个标准差以下或第3百分位数以下，才称之为矮小症。
所以儿童矮小症的诊断要求较严格，需要有本地区儿童的同年龄、同性别儿童的身高流行病学的资料，即平均身高的数值，再与之进行比较后，才能得出儿童矮小症的诊断。
所以儿童矮小症没有固定的值，比如儿童年龄的大小以及身高的数值不是儿童矮小症，必须是同年龄、同性别，这是最低的要求，再是同地区、同种族才是具有可比性，儿童的身高达到以上的标准，才能诊断儿童矮小症。
在诊断儿童矮小症以后，再寻找其原因，是由于生长激素缺乏引起来的，还是有继发因素，由于脑子长肿瘤、垂体分泌功能受到破坏导致的等，再决定下一步的处理。
