腰穿作为神经系统的检查方法之一，通常对身体没有害处。腰穿可以测脑脊液压力，通过压力检测观察有无腰椎疾病、脑部疾病、椎管狭窄等。通过取脑脊液进行化验检查，会发现一系列疾病，比如脑炎、脑膜炎、蛛网膜下腔出血以及自身免疫性脑炎。通过化验脑脊液成分进行确诊后，可不断随访观察治疗疗效，这是神经科较常用的方法。

但是特殊情况不建议做腰穿，如枕骨大孔区、小脑以及脊髓有占位性病变。此类患者做腰穿、放脑脊液时，脑部或者脊髓病变随着脑脊液动力学的原因会发生移位，会形成脑疝，或者是发生脊髓卡顿、压迫，会导致不可逆损伤。