甲亢微波消融术有好处，也有坏处，主要有以下几点：

1、好处：甲亢微波消融术是一种微创的操作，其操作治疗方法比较简单，对于人体的损害也是比较小，做起来也相对安全性比较高。甲亢的微波消融术的好处较为显而易见，整体的花费比较低，而且对于患者痛苦比较小，不像甲亢的长期药物治疗需要较严格的遵守医生的建议，需要长期的进行反复的抽血与随访，疗程也较长，一般需要治疗1.5-2年的标准疗程，才能够避免有效的避免复发；

2、坏处：比如甲亢的患者可能合并有恶性的甲状腺疾病，比如甲状腺癌。如果有的结节，已经TI-RADS分类分为三类及以上，此时有可能没有及时的发现甲状腺癌的合并存在，而导致做微波消融之后，还要进一步的去明确甲状腺的结节性质，此时就需要进一步做手术的可能性。如果发现结节是恶性结节，既做微波消融的手术，进一步还是要做开刀的手术，会加重患者的负担。因此甲亢的微波消融术之前，需要了解清楚，患者是否有合并恶性的疾病。还要知道，比如部分结节非常大，微波消融可能就不能处理此结节，之后还是需要进行手术治疗，可能会增加患者的医疗，以及身体的痛苦。