胃肠镜的检查理论上都是消化道的检查，胃镜是检查上消化道，肠镜是检查下消化道，理论上是可以一起做。尤其现在大面积推广到无痛胃肠镜时，不仅可以省去一次麻醉的评估，麻醉药物的费用，还可以省去时间，让患者减少些相关检查的痛苦。
做胃镜和肠镜有要求，胃镜检查要求空腹，肠镜的检查需要清洁肠道，所以可以在早上同时进行无痛胃肠镜的检查。如果患者要求做普通的胃镜、肠镜检查，患者耐受性较差，则不建议同时进行，临床上多可以分开，分次进行。
肠镜术前要进行口服导泻药物，饮用大量的水分排空肠道，更有利于肠镜的检查，而做胃镜之前不允许吃饭、喝水，所以具体要根据患者的病情、诊断的重点以及医院的具体情况来选择检查。
