手术感染最严重的后果，是引起全身性感染，形成脓毒血症而发生感染性休克，最后导致死亡。如果手术造成严重的后果，一般是发生局部感染、腹膜腔感染或腔隙感染，继而毒素便会吸收入血，造成脓毒血症，细菌在血液中进行繁殖生长而后产生毒素，毒素作用于身体，而引起全身的炎症反应。全身的炎症反应到最后便造成感染性休克，如果不能及时纠正休克状态，很快会从休克转为死亡。

绝大部分的手术，很难发展到休克的程度。但出现严重情况时，常是发生了并发症，比如进行胃肠道手术，术后可能出现肠瘘或胃瘘，消化液流到腹腔内或胆囊手术，术后胆管胆汁发生泄漏，消化液流到腹腔中，经过腹腔吸收则容易造成严重感染。如果处理不当可能发展为感染性休克，甚至危及生命。