慢性病毒性肝炎的最有效治疗需要针对病毒进行抗病毒治疗，抗病毒治疗较为关键。肝炎病毒是引起肝炎的最主要原因，针对病毒进行治疗，即针对根本进行抗病毒治疗。抗病毒治疗目的是为了最大限度、最长期抑制乙肝病毒复制，从而减轻肝细胞的炎症坏死和肝脏纤维化，延缓和减少肝功能衰竭，肝硬化失代偿期的发生以及乙肝相关性肝癌等发生，从而可以改善患者生活质量，延长生存时间。

近年由于核苷类药物在抗乙肝病毒治疗广泛应用，乙肝治疗存在较大进步。核苷类抗病毒药物治疗在专家共识中建议使用此类强效低耐药的药物，包括恩替卡韦和替诺福韦。替诺福韦甚至可以用于孕妇，通过抑制病毒复制，使病毒拷贝量大幅降低以后甚至消失。乙肝母亲在围产期感染胎儿的几率大大降低。同时丙肝存在较好口服药物进行抗病毒，临床疗效确切。

随着科技进一步发展，慢性病毒性肝炎的治疗手段存在突飞猛进的进展。病毒性肝炎一般治疗包括采取适当休息，适当使用保肝药物治疗，例如水飞蓟宾类或甘草甜素类药物。避免饮酒，避免过度劳累，避免服用损伤肝脏的药物，例如常见的扑热息痛对肝脏存在损害作用，需要尽量避免使用此类药物，绝大多数患者可以恢复健康。