肛周脓肿一旦形成，建议及时行手术治疗，不要抱有侥幸心理，觉得可以自行恢复，这种概率是很小的，即使当时用药控制住了，后期还会形成肛瘘，还要进行手术治疗。如果没有条件进行手术，可进行保守治疗，可以应用抗生素控制肛周脓液的扩散，起到消肿作用，口服消炎药或输液均可。此外，也可局部用药，如可以用中药坐浴，可以用拔毒软膏，如金黄膏、鱼石脂软膏等，使用消炎栓塞肛门也可以帮助消肿。如果肿得很厉害，伴有发烧，可以切口将脓液引流出来，起到消肿止疼的作用。但是，以上措施都只是暂时的，有可能以后会形成肛瘘，还需再行手术治疗。
因此，一旦肛周脓肿形成，则建议进行根治术。保守治疗可消肿，但不代表肿消后病情就能好转，大多数会形成肛瘘，形成肛瘘后还要再进行肛瘘手术。
