脂肪肝通常不会引起甲胎蛋白增高。脂肪肝是由于能量过剩所致，如糖类、脂肪类超过人体需求会沉积在肝脏，从而形成脂肪肝，包括单纯性脂肪肝和脂肪性肝炎。存在肝细胞坏死、酶学改变时称为脂肪性肝炎，还可能发展成脂肪性肝纤维化，甚至肝硬化，但与肿瘤没有关系。
通常甲胎蛋白不高，因为甲胎蛋白是胎儿肝脏所合成的物质。如果出现肿瘤，如生殖系统肿瘤或肝癌，患者可以再次出现甲胎蛋白。为肿瘤标志物，甲胎蛋白轻微增高并没有特别的临床意义，正常值为0-7μg/L。稍有增高时，需要定期随访；如果短期内呈剧烈、明显地上升趋势或是数值已经较高，需要进行肝脏核磁共振等影像学检查。如果肝脏确实没有肿瘤，建议检查生殖系统，确认是否存在相关病变。
