如果中青年男性或青壮年男性患有轻度霉菌性龟头炎，则有可能自愈，但前提条件是身体条件、机体免疫力、机能状况较好，并具有良好的个人卫生习惯。但绝大多数霉菌性龟头炎的患者，自愈较困难，因为局部的解剖条件，决定会阴部外生殖器是容易潮湿、湿热、封闭的环境。因此一旦感染霉菌或真菌，会形成良好的真菌繁殖环境。
因此多数患者需要借助药物进行辅助治疗，但前提条件是患者保持良好的个人卫生习惯，如勤洗澡、勤换内衣裤，多喝水，从而多排尿，以冲刷尿道，保持泌尿生殖系统的基本健康和清洁状态。在上述基础之上，可以使用针对真菌的外用药膏，比如达克宁软膏。临床上通常使用达克宁软膏治疗足癣，即脚气，但在发病原理上，足癣与霉菌性龟头炎相同，所以霉菌性龟头炎同样可以使用达克宁软膏，涂抹于龟头局部的患处，以达到控制局部真菌的治疗目的。
