儿童脑炎初期症状与一般感染症状相似，称为非特异性症状，有发烧、头疼、精神稍微差一点，也许还有呼吸道症状或消化道症状。还可能有特异性症状，即神经系统症状，也可能有颅压高的症状。小孩会有剧烈头疼、喷射性呕吐。婴儿由于不会说头疼，会表现为打头、用头撞墙，即头疼的表现。还会有意识改变，可能精神比较差、嗜睡、甚至昏迷叫不醒，还可以出现抽搐。除了发烧、头疼颅内压增高的表现以外，还有其它表现，如可以出现休克、DIC。
对婴儿来讲，出现脑炎的症状不典型，甚至没有发烧，可能只表现为精神不太好、吃奶少，或体温不升。因为婴儿抵抗力差，容易发生脑膜炎、脑炎。所以婴儿如果有发烧、感染，应该及时检查，有感染就有可能出现脑炎。
