肺部感染隐球菌而导致的肺部感染称为隐球菌肺炎。隐球菌是肺部常见真菌感染之一，临床表现有咳嗽、咳痰，可能出现痰中带血。部分患者早期没有任何症状，仅于体检时发现肺部阴影，最后被确诊为隐球菌肺炎。隐球菌肺炎通常来源于呼吸道吸入，病人接触宠物或鸟类的粪便与毛发，上面带有真菌颗粒，吸入后继发肺部感染。因此隐球菌是有流行病学史的疾病，人与人之间不会传染，患者感染隐球菌大部分是因为接触到有真菌的动物毛发或粪便，尤其是鸽子粪便。
隐球菌感染有个特点，正常的人也会出现真菌感染，而绝大部分真菌感染，通常出现在免疫缺陷的病人。故隐球菌感染比较特殊，即此病菌在正常的免疫人群当中，也可能会出现感染。
