乙肝疫苗第一针通常没有严重的不良反应，但个别的特异体质，对于乙肝疫苗抗原成分敏感的人群，在接种第二针和第三针时，可能会出现不良反应。常见的不良反应有皮肤局部的硬结、红肿、局部过敏，有荨麻疹或其他形状的皮疹，较严重的不良反应是在接种后产生局部感染，形成脓肿。较少见的不良反应是在接种疫苗后，出现速发型的过敏反应，疫苗接种者可以出现严重的过敏，比如喉头水肿、过敏性休克。

红肿、硬结通常在接种3天后，可以用温热的毛巾进行热敷，热敷一段时间后，症状自然就会消退。对于产生脓肿的个别接种者，可以选择切开引流，应用抗生素控制炎症。对于出现严重不良反应，比如过敏性休克或喉头水肿，应及时进行抢救治疗。