益生菌一般推荐餐后服用，没有具体时间，可以进食后立刻服用，或餐后10-15分钟服用。但益生菌在某些特殊情况下，需要注意服用时间，如感染时可能需要服用抗生素，可能对肠道菌群造成不良影响。因为肠道存在较多细菌，部分细菌存在益处，称为益生菌，此时应用抗生素会引起肠道菌群失调，所以医生经常会给此类病人加用益生菌。

建议药品、益生菌、抗生素不要同时服用，否则效果会减弱。一般推荐口服完抗生素后，至少间隔2个小时，再服用益生菌，通常效果较好。胃肠道疾病应该补充益生菌，年龄较大的病人导致正常肠道益生菌衰减，也应该适当补充益生菌，一般进食后服用即可。