儿童睡觉呛咳原因如下：

1、夜间睡觉尤其睡眠中途出现明显呛咳或咳嗽时间持续较久，需警惕胃食道反流。胃食道反流为胃酸反流至食道甚至咽喉部，刺激咽喉导致患儿咳嗽，建议及时就医行相关检查明确；

2、如果患者短时间内出现夜间咳嗽明显，多考虑为呼吸道感染导致。因夜间患儿迷走神经较为兴奋，产生刺激导致患儿出现频繁或严重咳嗽。